En 1534, a los 43 años de edad, San Ignacio obtuvo el título de maestro en artes de la Universidad de París. Por aquella época se unieron a Ignacio otros tres estudiantes de teología: Pedro Fabro, Francisco Javier, Laínez y Salmerón, que brillaban mucho en los estudios, Simón Rodriguez y Nicolás Bobadilla. Estos hicieron votos de castidad, pobreza y de predicar el Evangelio a Palestina, y si esto último resultaba imposible, de ofrecerse al Papa para que los emplease en el servicio de Dios cómo y dónde mejor lo juzgase. La ceremonia tuvo lugar en una capilla de Montmartre, donde todos recibieron la comunión de manos de Pedro Fabro, quien acababa de ordenarse sacerdote. Era el día de la Asunción de la Virgen de 1534. También resolvieron que si alguien les preguntaba el nombre de su asociación, responderían que pertenecían a la Compañía de Jesús, porque estaban dispuestos a luchar contra el error y el vicio bajo el estandarte de Cristo. Así, pusieron de manifiesto su espiritualidad militante.
Paulo III aprobó la Compañía de Jesús por una bula emitida el 27 de septiembre de 1540. Ignacio fue elegido primer general de la nueva orden y, algunos días más tarde, todos los miembros hicieron los votos en la basílica de San Pablo Extramuros.
La actividad de la Compañía de Jesús en Inglaterra es un buen ejemplo del importantísimo papel que desempeñó en la contrarreforma. Ese movimiento tenía el doble fin de dar nuevo vigor a la vida de la Iglesia y de oponerse al protestantismo. "La Compañía de Jesús era exactamente lo que se necesitaba en el siglo XVI para contrarrestar la Reforma. La revolución y el desorden eran las características de la Reforma. La Compañía tenía como características la obediencia y la más sólida cohesión. Se puede afirmar, sin pecar contra la verdad histórica, que los jesuitas atacaron, rechazaron y derrotaron la revolución de Lutero y, con su predicación y dirección espiritual, reconquistaron a las almas, porque predicaban sólo a Cristo, a Cristo crucificado.
Una de las obras más fecundas de San Ignacio fue el libro de los "Ejercicios Espirituales". Empezó a escribirlo en Manresa y, lo publicó en Roma, en 1548, con la aprobación del Papa. Los Ejercicios cuadran con la tradición de santidad de la Iglesia. Lo nuevo en el libro de San Ignacio es el orden y el sistema de las meditaciones. Si bien, las reglas y consejos que da el santo en su obra se hallan diseminados en las obras de los Padres de la Iglesia, San Ignacio tuvo el mérito de ordenarlos metódicamente y formularlos con perfecta claridad. El fin específico de los Ejercicios es llevar al hombre a un estado de serenidad y despego terrenal para que pueda elegir "sin dejarse llevar por el placer o la repugnancia. Así, el principio que guía la elección es únicamente la consideración de lo que más conduce a la gloria de Dios y a la perfección del alma". Como lo dijo Pío XI, el método ignaciano de oración "guía al hombre por el camino de la propia abnegación y del dominio de los malos hábitos a las más altas cumbres de la contemplación y el amor divino".
Durante los 15 años que duró el gobierno de San Ignacio, la orden aumentó de diez a mil miembros y se extendió en nueve países europeos, en la India y en Brasil.
Murió súbitamente el 31 de julio de 1556, sin haber tenido siquiera tiempo de recibir los últimos sacramentos. Fue canonizado en 1622, y Pío XI le proclamó patrono de los ejercicios espirituales y retiros.
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